Çikolata kisti olan hastalar genellikle ağrı, hamile kalamama ve kitle hissedilmesi şikâyetleriyle hekime başvuruyor. Bazen de hiçbir şikâyet olmadan, rutin jinekolojik kontrollerde çikolata kistleri fark edilebiliyor. En önemli şikayetler, kasık ve karın alt kısmında görülen ağrılar. Bu ağrılar hem regl döneminde, hem de regl döneminden bağımsız olarak ve cinsel ilişki sırasında da hissedilebiliyor.